Zeerid Korr, un ancien militaire devenu contrebandier, doit deux millions de crédits à la Bourse, une organisation criminelle. Il est en mission sur Ord Mantell pour livrer du matériel à des criminels. Ce rendez-vous est un traquenard. Il s'en sort et tue ses assaillants dans une belle explosion finale. Il va devoir rendre des comptes à son employeur, Oren.
Pendant ce temps, Dark Malgus, un Seigneur Sith imposant muni d'un respirateur artificiel, est sur Coruscant et songe à sa vision passée apparue sur Korriban dans laquelle la guerre faisait rage. Accompagné de sa fidèle « servante » Eleena, une Twi'lek à la peau lavande, il se dirige vers le lieu de sa mission : le Temple Jedi. En même temps, sur Alderaan, Sith et Jedi se rencontrent pour négocier la paix proposée par l'Empereur Sith. Ce stratagème obscurcit la vision des Jedi et permet à l'Empire de lancer une attaque sur la Capitale de la République. Malgus s'introduit dans le foyer de l'Ordre pour couvrir l'arrivée d'un transport impérial qui peut ainsi foncer sur le Temple. Un commando de cinquante guerriers Sith en sort et une grande bataille s'en suit, Malgus va tuer lui-même le bien-aimé Grand Maître Jedi Ven Zallow.
Lors de la mort de son ancien Maître, la Chevalier Jedi au don d'empathie Aryn Leneer s'affaisse sous la douleur dans les couloirs du bâtiment abritant le Haut Conseil d'Alderaan, en face de ses homologues Sith. Sa rage est telle qu'elle s'en prend à eux. C'est alors que les négociateurs sortent et l'arrêtent dans son geste. Pendant l'affrontement dans le Temple, Eleena est blessée et une trentaine de Sith sont tués mais la victoire est impériale. Après avoir fait sauter le Temple, Malgus s'attend à ce que la bataille s'amplifie sur la planète. Il est donc hors de lui quand il voit les bombardiers retourner dans l'espace. Il s'en va à la rencontre de Dark Angral pour comprendre. Ce dernier se trouve dans le bureau du Chancelier au Sénat. Dark Malgus pénètre dans le bureau et s'aperçoit lentement de la présence de son rival Dark Adraas qui l'a vu, lors de la fin du combat dans le Temple, s'apitoyer sur le sort de sa servante non-humaine. Ce dernier lui fait comprendre qu'il veut sa place dans la hiérarchie. La lutte entre les deux Seigneurs est ouverte.
Dans la nuit d'Alderaan, Aryn quitte le lieu des négociations pour le spatioport de la planète. Elle parvient à embobiner Maître Vollen et son padawan Keevo en leur laissant croire qu'elle agit pour le compte de Maître Zallow, mais quand Vollen lui annonce que de nombreux chevaliers sont prêts à lancer une contre-attaque, elle lui rappelle son serment et l'engage à rester fidèle à Maître Dar'nala qu'elle s’apprête pourtant elle-même à trahir. Elle retrouve son astromécano T6 installé dans son chasseur et abandonne sa bure Jedi avant de monter à bord et de décoller, alors que Vollen et Keevo, qui l'avaient suivi, s'étonnent de ce geste. Aryn Leener vient de quitter l'Ordre Jedi. Elle part en quête de Zeerid « Z-man » : lui seul pourra la conduire sur Coruscant.
A la recherche d'Eleena, Malgus se heurte à une foule hostile devant un hôpital civil qu'il disperse à l'aide d'une vague de Force. Le personnel de l’hôpital tente aussi de lui résister mais une infirmière, souhaitant le voir quitter les lieux au plus vite avec le moins de casse possible, accepte de le conduire à Eleena qu'il rapatrie de suite sur le Valor. Sur le chemin, il reçoit l'ordre d'Angral de superviser le blocus de Coruscant, il en déduit qu'il est tombé en disgrâce au profit d'Adraas.
Arrivant sur Vulta, Zeerid est contacté par Oren pour qu'il livre une cargaison problématique : de l'épice hautement addictive, la Bourse souhaitant profiter du chaos pour s'approprier le marché de la Cité Galactique. Zeerid ne peut refuser la mission, et s'il réussit à passer le blocus planétaire toutes ses dettes seront effacées. Les Hutts ont eu vent de ce projet et envoient Vrath Xizor, un ancien sniper de l'armée impériale, le prendre en filature. Il parvient à lui poser un nanotraceur et découvre le secret bien gardé du contrebandier : Arra, sa fille handicapée. Zeerid prend un itinéraire détourné et va acheter un fauteuil à répulsion d'occasion avec l'avance qu'il a obtenue d'Oren avant de se rendre au parc. Il y retrouve sa belle-sœur, Natala, qui garde Arra. Pendant que l'enfant essaye le fauteuil, il discute avec Nat qui s'inquiète pour lui. Vrath les espionne mais Zeerid le repère. Il s'en sort en se faisant passer pour un ornithophile. Inquiet, Zeerid raccompagne les filles chez elles.
Aryn débarque sur Vulta et tente de trouver Zeerid en cherchant Natala. Zeerid confie le reste de son avance à Natala et s'assure de sa sécurité en campant devant chez elle. Croyant avoir à faire à l'inconnu du parc, il ouvre le feu sur Aryn qui pare le coup avec son sabre laser. Ils partent ensuite fêter leurs retrouvailles, toujours suivis par Vrath. Aryn demande à Zeerid de l'aider à rallier Coruscant et à venger son maître. Zeerid reçoit justement le feu vert d'Oren et la confirmation que son vaisseau a bien reçu la cargaison. Il invite donc Aryn à venir avec lui. Mais alors qu'il s’apprête à lui parler de sa mission, elle remarque que deux hommes les observent. Ils décident de se rendre au spatioport et d'aviser sur place. Là ils repèrent Vrath et ses hommes de mains. Aryn demande des explications et Zeerid lui révèle que le vaisseau a déjà été chargé par des droïdes de maintenance piratés. Vrath, les ayant entendus, déclenche une fusillade. Zeerid encaisse deux tirs directs grâce à son gilet pare-balle et Aryn est touchée à la jambe, mais ils parviennent à embarquer sur le Fatman et à décoller.
Vrath se rend directement sur Coruscant à bord de son vaisseau, le Razor, équipé des meilleurs hyperpropulseurs du marché. A peine sorti de l'hyperespace, des croiseurs impériaux et leurs chasseurs Mark VII l'interceptent. Il est tracté sur le Valor où le commandant Jard décide de l'envoyer d'abord en cellule plutôt que directement à Dark Malgus malgré ses protestations. Mais alors qu'il arrive au bloc de détention, raillé par ses geôliers, le Sith le demande sur la passerelle. Fort de ce succès, il démontre l'étendue de ses compétences à son escorte en la neutralisant. Il livre ensuite à Malgus toutes les informations possibles sur le Fatman, sa cargaison, la présence d'une Jedi à bord, ainsi que ses propres motivations. Il est contraint de rester sur la passerelle tant que le vaisseau du contrebandier ne se sera pas montré. Les chasseurs impériaux n'étant pas disponibles, Malgus ordonne que les navettes assurent des patrouilles d'inspection.
Zeerid compte atteindre Coruscant en s'arrimant furtivement à un vaisseau de ravitaillement impérial. Il cache donc le Fatman dans le disque d'accrétion de l'étoile du système Kravos et attend le passage d'un convoi impérial qui finit par passer une heure plus tard. Aryn, grâce à la force, passe alors en état d'hyperaccélération afin d’enclencher l'hyperpropulsion juste après le départ du convoi. A la sortie de l'hyperespace, Zeerid reprend les commandes pour arrimer le Fatman au supercargo le plus proche. Malgus ressent un trouble dans la Force mais commence par autoriser le convoi à passer jusqu'à ce qu'il reçoive un rapport d'anomalie magnétique sur le supercargo Dromo et ordonne qu'il soit arrêté. Zeerid remet les gaz en voyant les navettes impériales approcher. Il vole au plus près des vaisseaux impériaux, les empêchant d'ouvrir le feu sans risquer de s’endommager les uns les autres.
Malgus, attendant le rapport de la patrouille, reçoit un appel d'Angral qu'il met en attente et ordonne aux navettes de poursuivre le Fatman. Prenant conscience de l'aspect diplomatique du blocus et de l'occupation pour la signature du traité, il demande à contacter l'équipage du vaisseau tentant de forcer le blocus. Acceptant la communication, Aryn et Zeerid reconnaissent Dark Malgus et Vrath mais ignorent l'injonction et l'ultimatum du Sith. Malgus prend ensuite la communication d'Angral et apprend que la délégation Jedi sur Alderaan a sacrifié Aryn Leener pour le bien des pourparlers en révélant sa désertion et son intention de rejoindre Coruscant. Malgus reçoit l'ordre de l'anéantir s'il la découvre. Sans trop savoir pourquoi, il ne respecte pas cet ordre et laisse son vaisseau tenter de capturer le Fatman avec les rayons tracteurs. Mais Zeerid parvient à libérer son vaisseau grâce à une manœuvre très risquée et commence à descendre vers la planète. Malgus donne alors l'ordre de l'abattre. Le vaisseau est touché, il commence à chuter dans l'atmosphère. Aryn et Zeerid sautent alors par la vitre du cockpit juste avant l'explosion finale. Grâce à la Force, la Jedi réussit à les faire survivre à la chute libre. Mais Malgus a senti qu'elle n'était pas morte. Il fait donc quelques recherches dans les bases de données et comprend qu'Aryn est venue sur Coruscant pour venger son Maître. Il libère Vrath Xizor et le récompense tout en lui interdisant de quitter la planète. Il donne également pour mission à Eleena d'aller discrètement y capturer certaines personnes et saisir du matériel.
Zeerid prend un speeder et emmène Aryn au Temple Jedi, ou plutôt ce qu'il en reste. Aryn est horrifiée par la vision de ces ruines. Mais le foyer de l'Ordre s'étendait également sous la surface. Ils en profitent donc pour y entrer en passant par L'Usine, le cœur industriel de Coruscant. Dans les couloirs sombres ils rencontrent T7, le droïde astromec qui appartenait à Ven Zallow. Le Grand Maître lui avait ordonné de se cacher durant l'attaque, il était revenu en quête de survivants mais n'a trouvé que le sabre laser de son défunt propriétaire. Aryn est soulagée de le récupérer. Ils finissent par atteindre une salle de surveillance pour visionner les images de l'attaque. Aryn regarde plusieurs fois les vidéos pour ressentir le combat entre Ven Zallow et Dark Malgus. Elle pleure et emmagasine de la douleur et du chagrin pour le déverser dans le combat qu'elle projette. Ils repartent et Zeerid va seul vers le spatioport pour repérer les lieux. Il observe plusieurs navettes du Valor et découvre la présence de la twi'leck qui accompagnait Malgus sur les vidéos de l'attaque du Temple.
Aryn s’assoupit pendant son absence et rêve de son défunt maître. Troublée, elle décide de retourner au Temple, là où Dark Malgus l'attend patiemment. Un intense combat commence et la Jedi utilise la colère qu'elle avait accumulée. L'affrontement est équilibré jusqu'à ce que Zeerid arrive avec le speeder et Aryn décide de rompre l'engagement tout en jurant à son adversaire de le faire souffrir avant de le tuer. Ils s'envolent et Zeerid s'inquiète du comportement de la Jedi mais ne parvient pas à la faire changer d'avis. Il se résout à lui parler de la twi'leck. Malgus déduit des paroles et du comportement d'Aryn qu'elle a pris connaissance des détails de l'attaque, moment où ses sentiments pour Eleena avaient transparu. Il a alors peur pour elle à cause de la sombre promesse de la Jedi et, comme elle est injoignable, il part à sa recherche. Sa fureur augmente encore lorsque son pilote lui apprend qu'un accord de paix a été conclu et que Coruscant allait être rendue contre des systèmes périphériques.
Dès lors, le Sith ne se sent définitivement plus à sa place dans l'Empire. Aryn, Zeerid et T7 s'infiltrent dans le spatioport et le droïde pirate le système pour déclencher une alarme à la fuite toxique qui fait évacuer l'aire 16-B : là où se trouvent le Dragonfly de Vrath Xizor et la navette d'Eleena. Le premier dort dans son appareil d'un sommeil sous somnifères tandis que la seconde a préféré revêtir un masque respiratoire plutôt que de laisser son vaisseau sans surveillance. Elle est immobilisée par une Aryn déterminée à la tuer. La compagne de Malgus sait que résister est inutile et accepte l'inéluctable. Elle comprend même la colère qui motive Aryn, la colère n'étant que l'autre nom de la souffrance selon elle. Aryn reconnaît la vérité dans ces paroles et voit la douleur et la tristesse de la twi'leck. La fureur qu'elle éprouvait depuis qu'elle avait ressenti la mort de son Maître en est affectée. Elle comprend qu'elle ne doit pas trahir ses valeurs. Elle se contente d’assommer Eleena et Zeerid est soulagé de sa décision. Leurs adieux se concluent par un baiser.
T7 est parvenu à ouvrir le Dragonfly mais il ne veut pas suivre le contrebandier. Vrath a fini par se réveiller et déclenche le décollage et le pilotage automatique de l'appareil. C'est en allant fermer manuellement la rampe d'embarquement qu'il tombe sur Zeerid. Malgus arrive dans le hangar et Aryn menace le corps étendu d'Eleena pour forcer le Sith à laisser le Dragonfly quitter le système. Malgus se fait prendre au bluff et transmet l'ordre à la flotte. Cette fois, c'est le cœur et l'esprit apaisé que la Jedi combat le Sith. Elle finit par être submergée par la puissance des éclairs de Force de son adversaire. Dans le vaisseau, un dur combat au corps-à-corps a lieu entre Vrath et Zeerid. L'ex-sniper est vaincu et Zeerid finit par le jeter dans l'espace. C'est pour sa fille qu'il vient de devenir un assassin.
Aryn émerge de l'inconscience, en vie. Dark Malgus lui explique pourquoi il a décidé de l'épargner : elle n'a pas tué sa bien-aimée, chose qu'il aurait fait à sa place, et elle lui a fait prendre conscience de ses sentiments pour la twi'leck. Aryn ne comprend pas mais monte dans la navette et quitte la planète. Eleena se réveille et Malgus reconnaît qu'il l'aime. Il considère qu'elle est pour lui ce que les Jedi sont aux Sith : un exemple de paix, de réconfort, et donc une incitation à verser dans la faiblesse. Malgus se doit d'éradiquer les Jedi. Et pour cela, il ne peut avoir de faiblesse. Il exécute donc Eleena en lui transperçant le cœur avec son sabre laser.
Plus tard, Dark Malgus quitte discrètement son nouveau poste dans les régions inconnues pour venir dans la luxueuse maison du seigneur Adraas et le tuer douloureusement après un combat à sens unique. Zeerid a revendu le Dragonfly et sa marchandise. Avec cette fortune il a acheté un appartement à sa belle-sœur, des prothèses qui permettent à sa fille de remarcher et un vignoble à l'abandon sur Dantooine. Aryn finit par le retrouver.
azerius123, darkfunifuteur, sirius