Une flotte de Star Destroyers Impériaux sort de l’Hyperespace. Sa cible : Balmorra, une planète de production d’armes de pointe retombée sous contrôle impérial, mais qui continue à armer les Rebelles. Commandant de la flotte et adepte du Côté Obscur, l’Exécuteur Sedriss exige la reddition immédiate de la planète. Le gouverneur de celle-ci, Beltane, refuse de s’incliner, il vendra à tous ceux qui veulent acheter. Sedriss n’a pas d’autres choix qu’un déploiement de troupes au sol, en majorité des droïdes d’infanterie, afin de reprendre le contrôle des usines. Le combat tourne vite à la surenchère technologique : les SD9 de l’Empire sont rapidement surclassés par les SD10 de Beltane, eux même pris par surprise par de nouveaux droïdes volants, les Shadow. Mais Beltane joue son dernier atout et lâche des titans d’acier, les Viper Automadons X-1, qui ne tardent pas à anéantir les Shadow. Intéressé, Sedriss accepte de laisser sa liberté à la planète contre les nouveaux droïdes de combat.

Peu après, Luke Skywalker rentre à la base rebelle de Pinnacle avec son premier apprenti Jedi, un ex-Jedi Sombre nommé Kam Solusar. Tous deux arrivent en plein briefing. Prévenus par Beltane, les Rebelles s’apprêtent à frapper Byss en l’infiltrant à bord d’une cargaison de droïdes Viper. Malgré les réticences de Luke, la mission est lancée.
Luke, Leia et Kam se retrouvent ensuite pour discuter de l’avenir des Jedi. Luke et Kam, conseillés par l’Holocron, décident de partir pour Ossus, une ancienne Académie Jedi. De son côté, Leia va essayer de retrouver Vima Da Boda, la vieille Jedi rencontrée sur Nar Shadda.

A son retour sur Byss, Sedriss a une mauvaise surprise. Deux autres adeptes du Côté Obscur sont en train de dévaster le centre de clonage de l’Empereur. Il les exécute prestement et est immédiatement félicité par… l’Empereur ! Une nouvelle fois ressuscité, ses premiers ordres sont simples : capturer Leia avant son accouchement et éliminer Luke.

Sur Nar Shadda, Leia, Han et Chewbacca cherchent Vima Da Boda. Ils attirent vite l’attention de mercenaires et des impériaux qui sont eux aussi sur la piste de Vima. Ils retournent sans tarder à bord du Faucon Millenium et, suivant une des rares indications collectées, s’enfoncent dans les profondeurs de la cité. Leur chemin croise une nouvelle fois celui de Boba Fett, mais ils sortent victorieux d’un face à face risqué qui coûte un aileron au Slave I. Une fois le Faucon posé, les Solos ne mettent pas longtemps à trouver Vima qui accepte de les suivre. Fett, qui les a suivi jusque là, leur tend une embuscade. Heureusement, Chewbacca en couverture veille et neutralise le Chasseur de Primes. Le Faucon repart avec sa nouvelle passagère pour être capturé par le faisceau tracteur d’un Destroyer flottant au-dessus de la cité sitôt sorti des profondeurs. Il ne doit son salut qu’à la présence de la tour du contrôle spatial du traître Mako Spince. Plaçant la tour entre lui et le Destroyer, Han libère son cargo et le rayon tracteur déboulonne la tour. Mortellement touché par le sommet de la tour qu’il vient d’arracher, le Star destroyer s’écrase dans la cité.
Pendant ce temps, Salla Zend et Shug Ninx pénètrent les défenses de Byss pour récupérer le Starlight Intruder. Il découvre également un chantier de construction monumental. Palaptine a d’autres préoccupations. Il apprend par Sedriss que ce dernier a placé une sonde à la poursuite de Skywalker avec autorisation de l’assassiner dès que possible. L’Empereur exige que son Exécuteur se déplace lui-même pour affronter le Jedi et le capturer vivant.

Ossus, un monde en ruine que survole maintenant le Jedi Explorer, le vaisseau de Luke et Kam. Dès leur sortie de l’appareil, les deux Jedi sont attaqués par le droïde sonde qui les a traqué jusqu’à la planète. Ils la détruisent sans difficultés. Après une longue exploration en speeder, Luke et Kam trouvent un jeune homme, Rayf, et sa sœur, Jem, tous deux sensibles à la Force, attachés à un vieil arbre. Ils les libèrent sans attendre mais ceux-ci s’élancent vers un groupe d’hommes de leur tribu, les Ysanna, eux aussi sensibles à la Force. Après une brève mise à l’épreuve, ces derniers reconnaissent en Luke et Kam deux Jedi. A cet instant, Sedriss débarque à la tête d’un commando impérial. Un combat acharné s’ensuit, mais les Stormtroopers sont finalement éliminés. Sedriss, seul survivant, prend Jem en otage et révèle à Luke que l’Empereur est une fois de plus ressuscité. Il est subitement interrompu par une voix dans son dos… Le vieil arbre ! Il s’avère être en réalité Ood Bnar, un Jedi endormi depuis des millénaires. Ayant libéré Jem, il s’empare de Sedriss puis se consume volontairement dans une explosion d’énergie, emmenant ainsi le Jedi noir dans la mort. Fouillant le lieu de l’explosion, Rayf fait une surprenante découverte : des sabres lasers !

Sur l’orbite de Byss, un cargo est en train de franchir les défenses impériales. A son bord : une pleine cargaison de droïdes Viper remplis de soldats rebelles dirigés par Lando Calrissian et Wedge Antilles. Ce qu’ils ne savent pas, c’est que le cargo est en train de longer la nouvelle arme de l’Empereur, le Canon Galactique. Un canon de plusieurs kilomètres de long capable de tirer des projectiles dans l’Hyperespace, pouvant ainsi atteindre n’importe quelle cible dans la galaxie. A son bord, l’Empereur utilise ses pouvoirs pour investir quelques serviteurs du Côté Obscur de la Force.
La perturbation dans la Force est telle que Luke la ressent sur Ossus. Maintenant il en est certain, l’Empereur est toujours vivant. Après une rapide fouille de ruines Jedi, Luke et Kam quittent la planète en compagnie de leurs deux nouveaux élèves, Rayf et Jem.

Non loin de Nar Shadda, le Faucon n’est pas toujours pas tiré d’affaire. Une nouvelle attaque de Boba Fett à bord du Slave I fait de gros dégâts et Han est obligé de jeter son vaisseau dans un nuage gazeux pour semer le Mandalorien. Par chance, le Faucon débouche rapidement dans une région ignorée du reste de la galaxie, le système Ganathien. Les Rebelles et Vima y sont accueillis à bras ouvert par le roi Empatojayos Brand, un ancien Jedi transformé en cyborg après un combat contre Darth Vader. Celui-ci fait réparer le Faucon en l’équipant d’un antique canon à lumière se joint à l’équipage pour aider Luke à remettre l’Ordre Jedi sur pied. Evidemment, dès sa sortie de la nébuleuse, le cargo corellien est à nouveau pris pour cible par le Slave I, neutralisé facilement par le nouveau canon à lumière. Han et Leia décident de rejoindre leurs enfants et Winter sur New Alderaan, planète calme idéale pour l’accouchement imminent de Leia.

Au même instant sur Byss, les droïdes Viper rebelles passent à l’attaque dès leur déchargement du cargo, sous l’œil médusé des quelques contrebandiers du spatioport auxquels se sont mêlés Salla et Shug. De prime abord, les Viper semblent impossibles à stopper et pénètrent jusqu’à la dernière ligne de défense au pied de la tour de l’Empereur. Mais là, de monstrueux rancors chrysalides surgissent. Pris au dépourvu, les Viper sont mis en pièces et Lando et ses troupes prennent la fuite à pied. Ils sont sauvés in-extremis par une flottille de cargos dirigée par Salla et Shug, qui prend la fuite dans l’hyperespace dès la fin de la récupération.

A bord du Jedi Explorer, une histoire d’amour naît entre Luke et Jem, mais leur bonheur est vite interrompu. Dès leur sortie de l’hyperespace à proximité de Pinnacle, ils sont dépassés par un gigantesque missile qui frappe la lune, provoquant en son cœur une réaction en chaîne colossale. Le Canon Galactique a tiré, le quartier général de la Rébellion vient de disparaître. Le Jedi Explorer se détourne sur New Alderaan, où Luke apprend la terrible nouvelle aux Solo. Mais un nouveau drame se noue sur la planète Vjun. Au sein de Castel Bast, une ancienne forteresse de Vader, un pilote du cargo ravitailleur de New Alderaan craque sous la torture et révèle la position de la planète à l’Empereur.

Sur New Alderaan justement, les Jedi qui ne se doutent de rien s’entraînent, tandis que Han décide de partir à la recherche de Lando et ses commandos de l’opération de Byss. Le soir, alors que Luke s’est endormi après longue promenade avec Jem, plusieurs droïdes scarabées contrôlés par deux serviteurs de l’Empereur s’introduisent dans sa chambre et lui injectent un poison mortel. Luke s’éveille en criant, attirant l’attention de Leia et Jem toutes proches. Les deux adeptes du Côté Obscur sont vaincus, mais Jem est gravement blessée lors du combat. Quant à Luke, tombé dans le coma, Vima parvient à le soigner à l’aide de la Force. Plusieurs autres manipulateurs du Côté Obscur sont tués par Kam, Rayf et Brand, mais leur victoire est entachée par la mort de Jem qui, ayant juste eu le temps de dire adieu à son frère, s’éteint au côté d’un Luke encore inconscient. Une nouvelle menace se profile alors à l’horizon en la personne d’une phalange de AT-ATs bien décidée à en finir avec la petite base rebelle. Alors que tout semble perdu, Han Solo revient avec Lando à la tête de la flottille de cargos de Salla et Shug et parvient à organiser l’évacuation sous le feu ennemi.

Suivant les indications de Lando, les Rebelles se rendent dans la vieille cité spatiale de Nespis VIII où une excellente surprise les attend : les chefs de l’Alliance, bien vivants, évacués à temps de Pinnacle ! A la joie des retrouvailles vient s’ajouter un autre heureux événement : la naissance de l’enfant de Leia, Anakin. Luke, remis de sa blessure, a une vision d’espoir. Celle des trois enfants Solo, épaulés par de nombreux Jedi, luttant pour la paix dans la galaxie. Quoique puisse faire l’Empereur, l’Ordre Jedi renaîtra !

Ketch, the mighty Ewok