Située sur le monde macabre de Malachor V, l’Académie Trayus était une ancienne académie Sith retrouvée par le Seigneur Noir Dark Revan. Siège du nouvel Empire Sith, l’Académie Trayus abritait des reliques et autres artefacts Sith sacrés très anciens et méconnus.
Creusée dans le versant d’une colline, dans les profondeurs de Malachor V, l’entrée du temple était accessible par une passerelle sculptée. La porte du complexe menait à une grande antichambre qui, elle-même, était reliée à deux sections principales : le Croissant Trayus à l’ouest, et la Cour de Démonstration Trayus à l’est. Le Croissant Trayus était un lieu majoritairement fréquenté par les commandos Sith, des soldats d’élite en armure rouge, tandis que la Cour de Démonstration Trayus était plutôt fréquentée par les Jedi Noirs en formation ou en professorat. Une fois passé ces deux sections du complexe, on trouvait la salle centrale qui donnait accès au cœur de l’académie, le Cœur Trayus, un sanctuaire sacré.

Bâtie un millier d’années avant les Guerres Mandaloriennes, l’Académie Trayus était le point focal du Côté Obscur sur Malachor V. Les anciens Sith l’avaient construit afin de faire survivre la tradition Sith à l’abri des Jedi, mais un jour, l’académie finit par être abandonnée pour d’obscures raisons. Ce n’est que mille ans plus tard, alors que les Guerres Mandaloriennes ravageaient la galaxie, que l’académie fut redécouverte par un Jedi rebelle : Revan. Ce dernier, curieux de savoir pourquoi les Mandaloriens se méfiaient de Malachor V plus que de toute autre chose, décida de se rendre sur place pour enquêter. Ce qu’il découvrit là-bas dépassait toutes ses attentes. Le sous-sol de Malachor V était jonché d’anciennes ruines, et un seul bâtiment subsistait : l’Académie Trayus, un temple Sith rempli d’artefacts et autres documents Sith anciens. Une telle concentration de connaissances Sith lui permit de raffermir son pouvoir, et de solidifier son nouvel Empire Sith. Mais si une telle somme de connaissances était parvenue à survivre aux siècles, il était pratiquement certain que les Sith eux-mêmes avaient survécu. La menace d’une nouvelle invasion Sith poussa Revan à mettre un terme rapide aux Guerres Mandaloriennes. La bataille finale contre les Mandaloriens eut lieu au-dessus de Malachor V, et Revan, ayant déjà succombé au pouvoir du Côté Obscur, utilisa une arme secrète pour annihiler les derniers vestiges de la flotte Mandalorienne : le Générateur de Masse Obscure. Le déclenchement de l’arme créa un vortex géant qui anéantit les deux flottes belligérantes et rongea la planète depuis son cœur. Cependant, l’Académie Sith, nourrie par les énergies du Côté Obscur, survécut à la destruction. Revan, le soi-disant héros des Guerres Mandaloriennes, avait remporté la victoire, mais était devenu son propre ennemi : un Sith.

Désormais libre d’agir en secret, Dark Revan raviva l’Académie Trayus et s’en servit pour former de nouveaux fantassins, assassins, et guerriers Sith, ainsi que de nouveaux Jedi Noirs. Pour cela, Revan ordonnait à ses assassins Sith de capturer tous les Jedi qu’ils rencontraient en mission. Une fois capturés, les Jedi était soumis à la nature corruptrice du Côté Obscur émanant de Malachor V, ce qui brisait leurs volontés et les attirait définitivement du Côté Obscur de la Force. Le nouvel Empire Sith de Dark Revan devint suffisamment grand pour déchaîner ses forces contre la République Galactique, mais Revan fut capturé par les Jedi et sa mémoire fut effacée. Après quoi, Revan anéantit le même Empire Sith qu’il avait lui-même crée des années plus tôt. La galaxie était sauvée, et Revan s’en alla pour les Régions Inconnues, à la poursuite d’un ordre Sith secret. Pendant ce temps, l’Académie Trayus reçut une nouvelle visite, celle de l’ancien maître de Revan : Kreia. Le maître Jedi était alors en train de retracer le chemin de son ancien élève, afin de savoir si sa chute avait été provoquée par elle-même ou si elle avait été indépendante de son enseignement. Malheureusement, lorsque le maître Jedi posa le pied à la surface du monde macabre de Malachor V, elle fut inondée par le Côté Obscur. À son arrivée à l’académie, il n’y avait plus de retour possible. Kreia devint Dark Traya, la Dame de la Trahison. L’Académie Trayus rouvrit ses portes, et vit naître un nouvel ordre Sith. L’académie se remit à entraîner, convertir, et former une nouvelle génération de Sith, que Dark Traya utiliserait pour détruire l’Ordre Jedi.

Le temps passa, et l’académie devint plus active. Un jour, Dark Traya fit la rencontre deux Seigneurs Sith : Dark Nihilus, et Dark Sion, tous deux disposés à unir leurs forces à la sienne pour détruire l’Ordre Jedi. Leur union donna naissance au Triumvirat Sith. Ce fut l’âge d’or de l’Académie Trayus, et le Triumvirat Sith fit des ravages dans la galaxie. Le Seigneur Sith Dark Nihilus détruisit même toute une planète par sa seule puissance, mettant également un terme aux vies de centaines de Jedi. Cependant, l’académie changea de direction lorsque Nihilus et Sion décidèrent de trahir Traya, et de l’exiler. Ce revirement força la Dame des Sith à revoir ses plans. Après avoir retrouvé l’Exilée – l’ancien général de Dark Revan dans les Guerres Mandaloriennes – elle se fit passer pour une amie et l’influença, l’amenant finalement à arpenter les canyons rocheux de Malachor V, où l’Exilée comptait mettre fin au Triumvirat Sith, et à l’influence de Dark Traya elle-même. Ayant déjà défait Dark Nihilus, l’Exilée élimina tous les Sith qu’elle rencontra dans les couloirs de l’Aadémie Trayus, et tomba sur Dark Sion. Son duel contre Dark Sion fut farouche, mais elle finit par prendre le dessus à par mettre fin à la « vie » de Dark Sion. Seul Dark Traya se dressait encore sur son chemin. Marchant jusqu’au cœur de l’académie, le Cœur Trayus, l’Exilée l'affronta, et au terme d’un duel féroce, défit Dark Traya. L’Académie Trayus était désormais déserte, et avant de partir, l’Exilée déclencha à nouveau le Générateur de Masse Obscure – comme elle l’avait fait lorsqu’elle était général – et l’Académie Trayus fut réduite en poussière, tout comme Malachor V elle-même.