Le Temple des Sith était le fief du Nouvel Ordre Sith du Seigneur Noir Dark Krayt au temps de la Guerre Sith-Impériale. Erigé sur les fondations du Nouveau Temple Jedi, le Temple des Sith arborait à la fois une architecture originale issue du sens esthétique Sith et une architecture Jedi moins visible. Les verrières en transparacier qui recouvraient les anciennes pyramides du temple furent détruites et remplacées par des plaques de duracier, afin de montrer le tout nouveau visage de l’ordre. La sinistre pyramide qui s’élevait au centre de la structure était surmontée d’une construction qui laissait s’échapper une épaisse fumée grisâtre, et tout autour se trouvaient quatre tours qui furent bâties à la place des quatre pyramides Jedi. Tout autour du temple furent construits d’autres bâtiments, si bien qu’au final, seule la pyramide centrale était visible. La longue avenue qui menait jadis à l’entrée du Temple Jedi fut détruite et remplacée par un pont qui s’élevait au-dessus des alentours. Toute la structure était jonchée de grandes torches qui émettaient des fumées décoratives, et de grandes statues furent érigées en l’honneur de très anciens Seigneurs Noirs des Sith. Les niveaux inférieurs étaient pratiquement laissés à l’abandon, et le système des égouts de la zone était hanté par un dianoga, un céphalopode pouvant atteindre dix mètres de longueur.

En 130 ap B.Y., la galaxie plongea dans une nouvelle guerre. Le Projet Ossus, lancé par les Jedi et soutenu par l’Alliance Galactique, avait provoqué de nombreuses destructions à travers la galaxie – à cause d’un sabotage - et la plupart des populations en voulaient aux Jedi d’avoir travaillé avec les Yuuzhan Vong. Le Conseil des Moffs, l’organe décisionnel de l’Empire Galactique, profita alors de la situation et invoqua le Traité d’Anaxes, déclarant la guerre à l’Alliance Galactique et concluant une alliance secrète avec le Nouvel Ordre Sith de Dark Krayt. Après trois ans de conflit, l’AG fut finalement vaincue à la Bataille de Caamas par une armée Sith-Impériale, et l’Ordre Jedi fut balayé lors du Massacre d’Ossus.

Victorieux, le Nouvel Ordre Sith envahit la capitale galactique Coruscant, et choisit de s’emparer du Temple Jedi pour en faire leur nouveau fief. Mais les Sith ne s’arrêtèrent pas là. Passant à la seconde étape de son plan, Dark Krayt prit les devants en mettant le Conseil des Moffs à ses genoux et en tuant une réplique de l’empereur Roan Fel. Dark Krayt devint le nouvel empereur de la galaxie, et instaura un règne de terreur.

En 137 ap B.Y., le Temple des Sith fut, pour la première fois, infiltré par un ennemi des Sith : Cade Skywalker. Ce dernier, marchant à nouveau sur la voie des Jedi, avait en tête de libérer un maître Jedi qu’il avait lui-même capturé quelques temps auparavant, et qui avait été livré aux Sith. Pour ce faire, Skywalker plongea dans les bas-fonds de Coruscant, et parvint à rejoindre la zone du temple. Là-bas, grâce à ses souvenirs du temple, le jeune Skywalker se glissa dans des conduits de ventilation auxquels personne ne faisait attention. Mais tandis que l’ancien Jedi tentait de reconduire Hosk Trey’lis, le maître Jedi, hors du temple, Dark Talon fit irruption et engagea le Jedi rebelle en duel. Le duel se finit mal pour Talon, mais aussitôt, Dark Nihl se montra et neutralisa Skywalker en l’attaquant dans le dos. Prisonnier, Skywalker fut soumis à des séances de torture au cœur du laboratoire de Dark Maladi, et Dark Krayt s’attela à le convertir au côté obscur. Finalement, Skywalker sembla céder à l’attrait du pouvoir, et se soumit au Seigneur Noir Dark Krayt. Après plusieurs semaines de captivité, Skywalker fut soumis à un test de Dark Krayt. Le Seigneur Noir le poussa à tuer le maître Jedi Trey’lis, mais Skywalker refusa, révélant sa ruse. Krayt tua lui-même le prisonnier, et Skywalker passa à l’attaque. Après avoir neutralisé Dark Talon et Dark Nihl, Skywalker s’occupa de Krayt, mais ce dernier était un adversaire redoutable, et seule l’intervention de l’agent impérial Morrigan Corde l’empêcha de tuer Skywalker. L’agent Corde, qui était entré dans la zone aérienne du temple à bord du Mynock, fit sauter les hangars du Temple des Sith, provoquant des incendies un peu partout dans la structure. Après quoi, elle tira sur la verrière de la salle où se trouvaient Krayt et Skywalker, et toucha Krayt dans le dos. La diversion permit à Skywalker de bondir par la fenêtre et d’atterrir sur le Mynock.