HK-47 fut construit par le Seigneur Noir des Sith Dark Revan, en 3960 BBY, peu après les guerres mandaloriennes. Revan utilisa des pièces pré-existantes de modèle HK-24 de la compagnie Czerka, auxquelles il ajouta des modules de sa propre création. HK-47 fut programmé pour agir en tant qu'assassin afin d'éliminer le plus discrètement possible les opposants politiques et militaires du Seigneur noir. Malgré un respect absolu pour son concepteur, le droïde montra très vite une répugnance envers toute forme de vie organique, notamment les humains qu'il considérait comme des « sacs à viandes ». Les capacités exceptionnelles d'assassinat et de fourberies de HK-47 incitèrent Dark Revan à produire d'autres droïdes basés sur le même modèle, la série des HK-50, fabriqués en secret sur Telos IV.

HK-47 servit Revan pendant la Guerre Civile des Jedi, accompagnant son maître ainsi que Dark Malak à travers la galaxie. Il les aida également à localiser la Forge Stellaire, une ancienne arme fabriquée par les Rakatas capable de produire une flotte spatiale en un temps record. Mais alors que l'assassin était en mission, Revan fut capturé par des Jedi menés par Bastila Shan tandis que Malak se retournait contre son maître.

Pendant que le Conseil Jedi tentait d'effacer la mémoire de Revan afin de le ramener vers la Lumière, HK-47 termina sa mission au prix d'importants dégâts. Il fut récupéré par un guerrier mandalorien qui le répara et le reprogramma pour parvenir à ses propres fins. Le droïde servit le guerrier jusqu'à ce qu'une de ses cibles le capture et le reprogramme à son tour afin d'éliminer le mandalorien. N'ayant d'autres objectifs à accomplir, HK-47 se désactiva volontairement.

Vendu à Bochaba le Hutt, il l'aida à maintenir et accroître sa réputation notamment en exécutant environ 322 personnes en une seule année. Mais le Hutt fut assassiné et le tueur se retrouva cette fois entre les mains d'un sénateur. Ce dernier se servit de HK-47 comme droïde de protocole, avant de découvrir ses aptitudes meurtrières. Il l'envoya réduire au silence de nombreux politiciens et même sa femme qui le trompait. Mais prit de remords, le sénateur s'interposa au mauvais moment entre HK-47 et sa cible, ce qui lui coûta la vie.

De nouveau sans maître, la femme le vendit à un employé de la Corporation Systech. Encore une fois, il élimina de nombreux travailleurs et concurrents, avant que l'employé se rende compte de ses erreurs. Il essaya de désactiver le droïde en le transperçant avec le premier objet qui lui tomba sous la main, mais un choc électrique le tua sur le coup et les programmes d'assassinat du tueur furent endommagés.

Après l'incident, HK-47 se retrouva chez un marchand de droïdes Ithorien à Anchorhead, sur Tatooine, qui lui plaça un boulon d'entrave afin de bloquer sa mémoire et ses capacités. Là, il rencontra son ancien maître, Revan. Mais sa mémoire ayant été endommagée par le passé et celle de Revan effacée, aucun des deux ne reconnut l'autre. Pourtant, le Sith redevenu Jedi acheta le droïde afin de l'aider à communiquer avec les Hommes des Sables. L'accompagnant dans les régions les plus reculées de la planète, HK démontra ses incroyables aptitudes au combat. Quand Revan l'interrogea sur son passé, il fut surpris d'apprendre que tous ses anciens maîtres avaient été éliminés, dont certains à cause du droïde. Mais sa mémoire était encore trop abîmée pour en apprendre plus. Cependant le Jedi ne l'abandonna pas et ils poursuivirent leur voyage à la recherche de la Forge Stellaire.

Lors de leur rencontre avec Dark Malak, Revan retrouva la mémoire et HK-47 fut capable de restaurer la sienne. Heureux de retrouver son maître et ses souvenirs, il servit le Jedi du mieux qu'il put, même s'il regrettait la disparition de la violence dans le caractère de Revan. Avec ses compagnons, le Jedi parvint à détruire la Forge Stellaire et en finit avec Malak. Tous furent alors acclamés comme héros de la République.

Mais Revan, qui recouvrait peu à peu sa mémoire, se souvint d'une menace qu'il avait découvert durant son règne en tant que Seigneur Sith. Il partit seul afin d'en savoir plus et prit soin d'effacer ces informations de la mémoire du droïde et le confia à sa femme, Bastila Shan, qui le confia à son tour au service du Conseil Jedi sur Coruscant.

Mais HK-47 n'entendait pas rester sans nouvelles de son maître. Malgré les interdictions de Bastila, il partit à sa recherche. Son voyage lui valut encore de très gros dégâts et il fut démembré. Mais un autre droïde de Revan, T3-M4, le découvrit et le plaça à bord de l'Ebon Hawk.

Meetra Surik, une ancienne Jedi, et d'autres individus qui tentaient d'échapper à un Sith trouvèrent refuge à bord de l'Ebon Hawk. Il découvrirent le droïde et furent en mesure de le réparer à l'aide de pièces de modèle HK-50. Réactivé, HK-47 s’offusqua d'avoir été reconstruit à partir de banales copies n'ayant aucun talent, et il se jura de les détruire. Néanmoins, il accompagna Surik durant son périple à la recherche d'anciens Maîtres Jedi.

Les dégâts qu'il avait subits avaient tout de même affecté certains de ses protocoles, et HK devint de plus en plus violent. De plus, sa curiosité sur son passé le poussa à chercher des informations, notamment dans l'ordinateur de navigation du vaisseau. Mais T3-M4 l'en empêcha et effaça ses désirs de sa mémoire. HK continua alors ses aventures aux côtés de la Jedi jusqu'à la bataille de Telos IV durant laquelle il quitta le groupe et captura un HK-50 afin de découvrir leur lieu de production, ce qui pourrait le ramener à son maître. Là, il rallia les HK-50 à sa cause et les retourna contre leur ancien commandant, G0-T0. Sa mort permit au groupe d'aventuriers de détruire Malachor V ainsi que Dark Traya.

Après la mort du Sith, HK-47 repartit de son côté à la recherche de son maître, et Surik fit de même. Cette dernière le retrouva en premier sur Dromund Kaas, nouveau centre d'opération de l'Empire Sith. A eux deux, ils tentèrent d'assassiner l'Empereur mais échouèrent. Surik perdit la vie et Revan fut placé en stase. Le droïde mit près de 300 ans avant de retrouver enfin son concepteur. Peu avant cela, Revan avait réussi à se libérer grâce à une force d'attaque républicaine. Les deux compagnons se mirent alors en route pour la Fonderie, une ancienne station spatiale Rakata. Le Jedi avait l'intention de s'en servir afin de créer une armée de droïdes capable de détruire l'Empire Sith.

Mais l'Empereur eut vent de ces plans, et il envoya un groupe d'intervention afin de les arrêter. HK-47 s'interposa et fut en partie détruit. Ses composants furent étudiés et il fut reconstruit et reprogrammé pour servir Dark Malgus. Mais une fois encore, le droïde fut vaincu en défendant son nouveau maître.

Des milliers d'années plus tard lors de la Guerre des Clones, le corps du droïde fut découvert par la Confédération des Systèmes Indépendants à bord d'un croiseur écrasé sur Mustafar. Parfaitement conservé, les ingénieurs séparatistes le réactivèrent à leur grand malheur. HK-47 se réveilla, furieux et il tua des dizaines de personnes et droïdes avant d'être contrôlé puis entravé par un boulon. Ses programmes, trop complexes pour être réinitialisés, furent déplacé dans l'IA du croiseur dans lequel il avait été trouvé. Son corps servit de modèle aux unités HK-77. Mais HK-47 ne comptait pas se laisser faire et il tenta de reprogrammer tout le croiseur, tandis que les Séparatistes furent anéantis par Dark Vador.

Une vingtaine d'années plus tard, aux alentours de 2 ans ABY, HK parvint à contacter des voyageurs qui l'aidèrent à prendre le contrôle de l'ancienne usine de droïdes. Grâce à eux, HK-47 put réintégrer un corps presque identiques à son original. Il décida de se venger de ceux qui l'avait enfermé, mais ces derniers étant déjà mort, il fut convaincu que toute forme de vie organique qui le gênerait devrait être abattue. Il s'en prit aux voyageurs qui parvinrent toutefois à s'échapper. Ils avertirent le chef du camp de mineur qui s'était installé à la surface de la planète, au dessus de l'ancienne usine, de l'assaut probable d'une armée de droïdes, dirigé par HK-47.

Ainsi commença la bataille de Koseyet. Mais les machines furent repoussées et l'usine détruite. Le groupe de voyageurs parvint à se débarrasser des gardes d'élite d'HK-47, puis du droïde lui-même. Mais lors de leur retour au camp, ils reçurent un message provocant de l'ancien assassin, toujours actif. Mais son corps fut retrouvé et il servit à la fabrication d'un Jetpack.