Peu de choses sont connues sur ces droïdes spéciaux. Ils furent utilisés par la Confédération des Systèmes Indépendants lors de la Guerre des Clones mais, sans que l'on ne sache pourquoi, très peu fréquemment.

Ces droïdes étaient proches des modèle B2 en ce qui concerne leur force. Ils disposaient d’un canon laser rétractable et bien sûr de modifications pour les spécialiser dans les missions sous-marines dont un système de propulsion en assemblant leurs pieds.

Au cours de l’assaut contre Kamino par Assajj Ventress, ce fut Obi-Wan Kenobi qui repéra en premier les droïdes aquatiques. Ces derniers assemblaient en secret dans les tréfonds de la planète une force d’attaque avec les « débris » des vaisseaux de Grievous qui combattaient en orbite. Ceci montrait que ces droïdes semblaient plus complexes que les B2. Ils se ruèrent alors sur Kenobi et manquèrent de peu de tuer le maître Jedi, sauver in extremis par un aiwah.

Peu après, les droïdes aquatiques débarquèrent dans le Complexe Militaire de Tipoca City, montrant ici leur grande adaptabilité. L’ensemble des clones présents ainsi que les Jedi Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et Shaak Ti, repoussèrent finalement l’attaque.

Les Droïdes Aquatiques participèrent plus tard à la prise de contrôle de la planète Mon Cal par la Confédération des Systèmes Indépendants. En soutien à la Ligue isolationniste Quarren menée par Nossor Ri, les droïdes affrontèrent les forces Mon Calamari qui étaient soutenues par des clones de la République Galactique, les Jedi Anakin Skywalker, Kit Fisto et Ahsoka Tano, ainsi que par la sénatrice Padmé Amidala.

Si l’avantage tactique pour prendre Mon Cala City fut la Méduse Hydroïque, les Droïdes Aquatiques furent très utiles pour repousser les contre-attaques du roi Lee-Char et pour monter la garde auprès des prisonniers Mon Calamari. Les droïdes durent ensuite affronter la Grand Armée Gungan venue aider la République et ils aidèrent ainsi une nouvelle fois les Quarren à gagner la bataille. Riff Tamson, le représentant du comte Dooku sur Mon Cal, demanda alors aux Droïdes Aquatiques de chercher le roi Lee-Char qui était en fuite avec sa garde du corps Ahsoka Tano. Finalement, Nossor Ri et les Quarren comprirent que la présence séparatiste sur leur planète était néfaste et ils se retournèrent contre les Droïdes Aquatiques pour libérer les Mon Calamari et redonner au roi Lee-Char toute sa légitimité pour diriger la planète.