R3-S6 était un droïde astromécano utilisé par la flotte de la République lors de la Guerre des Clones. Suite à la bataille de Bothawui qui opposa le général Grievous au général Skywalker, ce dernier perdit son droïde astromécano attitré, R2-D2. R3-S6 lui fut donc alloué en remplacement temporaire. Ce dont ne se doutait pas Skywalker, c’était que R3-S6 avait été capturé peu avant par Grievous qui l’avait amené sur la planète Milagro. Sur place, le général droïde le reprogramma et le renvoya discrètement dans les rangs de la République pour qu’il agisse comme espion. Prémédité ou non, R3 se retrouva donc donné à l'ennemi de Grievous, Anakin Skywalker lui même. Grievous en profita donc pour tenter de détruire une bonne fois pour toute le général Jedi.

Anakin avait déjà du mal à se passer de son fidèle R2-D2 et les « erreurs » de R3-S6 ne firent que renforcer cette sensation. Parti à la recherche de R2 qui détenait des informations vitales pour la République, en plus de sa valeur sentimentale, R3 accompagna donc Ahsoka Tano et Anakin Skywalker à bord du vaisseau du pilleur trandoshien Gha Nachkt. Il activa ainsi deux droïdes assassins de type IG-86 qui attaquèrent les Jedi.

Peu après, alors qu’Anakin était en mission solo pour localiser une station d’écoute séparatiste, R3 déclencha sa balise de détresse en lieu et place des scanneurs ce qui attira la flotte de Grievous. Il multiplia ensuite lors du combat les tentatives pour piéger Skywalker, libérant l’anneau d’hyperespace et bloquant les moteurs. Cela dit, avec les renforts républicains, R3 dut reprendre un travail normal pour éviter de se faire démasquer. Malgré cela, Ahsoka persista a défendre le petit droïde qu’elle surnomma Goldie, notamment devant son maître, peut être pour l’aider à oublier R2-D2.

Finalement, le malin petit R2 put contacter de lui même la République. Capturé par Gha Nachkt, il fut amené sur la fameuse station d’écoute séparatiste Skytop et put diriger les forces de la République vers sa position. Skywalker, Tano, Rex et R3, accompagnés d’un contingent de clones, se lancèrent à l’assaut de la station. Ici aussi, R3 fit tout son possible pour retarder et gêner la progression des soldats, mettant toujours ces « erreurs » sur le compte de son incompétence et de sa mauvaise programmation. Néanmoins Tano puis Skywalker réalisèrent enfin la vraie nature des actions de R3 lorsque ce dernier donna la localisation de la Padawan à Grievous et lorsqu’il activa des chasseurs vautours pour attaquer Anakin.

La station était sur le point d’exploser alors que Tano affrontait Grievous et Skywalker, les vautours droïdes. R2, finalement retrouvé, fut envoyé vers un panneau de contrôle pour désactiver les droïdes ennemis. R3 se lança à sa poursuite et les deux droïdes astomécanos s’affrontèrent sur une passerelle, déployant tout ce qu’ils avaient et qui pouvaient servir d’armes. R2 parvint enfin à expulser son huile sur le traître qui glissa vers le vide. Il put se rattraper à R2 avec un filin mais ce dernier activa ses propulseurs et mit feu à l’huile. R3 dut lâcher prise et fut précipité en morceaux dans le vide alors que R2 fut récupéré par Anakin.