La Guerre des Clones vient d’échouer – dans tous les sens du terme – de manière tragique sur la planète Honghr. Les Services Secrets de la République ont mis le doigt sur une nouvelle arme séparatiste : le défoliant Trihexalophine 1138, capable d’empoisonner le sol d’une planète entière. La cible était Naboo.
Pourtant, le vaisseau transportant cette menace est intercepté par un croiseur de la République en orbite du monde natal des Noghris : le transport endommagé s’échoue sur la planète et répand son contenu mortel…

Trois jours après le crash, le Jedi Rii’Ke En arrive sur place en compagnie d’un soldat clone à la recherche du PIS du défoliant 1138 : le Pack d’Instruments Scientifiques. Cet appareil permettra de rapporter des preuves de l’existence du produit et de ses effets. Malheureusement, les Noghris ont déjà dépouillé l’épave et emporté le précieux PIS pour l’enfermer dans leur temple sacré. Rii’Ke En parvient à les pister et à pénétrer dans l’enceinte. Là, il contacte alors le Général Aayla Secura et lui communique la position du PIS. Mais les Noghris ne tolèrent aucune présence étrangère… Ce sera sa dernière transmission…

Quelques jours après la dernière transmission du Jedi En, Aayla Secura, le Commandant Bly et ses troupes débarquent sut Honoghr. Le plan de Bly est simple : se référer aux dernières positions de Rii’Ke En, entrer dans le temple et ressortir tranquillement. C’est sans compter sur la détermination des Noghris ! Le détachement de troupes est immédiatement pris sous un lourd feu ennemi.
La Jedi ordonne alors de foncer vers le temple en formation défensive. Une fois à l’intérieur, ils constatent que des Noghris arrivent de toutes parts et passent à l’attaque. Aayla et Bly tirent, esquivent, tranchent… lorsque des traits de blater surgissent de nulle part et abattent les humanoïdes. Quinlan Vos sot alors de l’ombre sur les injonctions de son ex-Padawan.
Etant identifié comme Jedi renégat, Bly pointe son fusil sur lui mais la Twi’lek le somme de ne pas tirer. Quinlan explique alors qu’il travaille toujours pour la République et qu’il n’a pas succombé au Côté Obscur. Malgré les doutes qui l’habitent, Aayla décide de lui faire confiance. Très vite, il devient évident que les deux Jedi ont le même objectif – retrouver le PIS – et décident d’associer leurs forces. Vos promet de laisser l’objet à son élève.



Après avoir éliminé des derniers gardes Noghris, le groupe cherche un moyen d’accéder à la chambre renfermant le PIS et protégée par un système de pièges. Grâce à ses talents psychométriques, QUinlan découvre comment ouvrir la porte tandis qu’Aayla attire l’appareil à l’aide de la Force. Malheureusement, les visions de Vos ne révèlent pas le mécanisme de fermeture et les pièges composés de fléchettes empoisonnées se déclenchent. Leur entraînement permet aux Jedi de se sortir de ce mauvais pas à grand renfort d’esquives et d’acrobaties.
Il faut maintenant sortir de là. Quinlan suggère le passage qu’il a emprunté : les marais. Lorsqu’ils arrivent au bord d’une falaise, le lieutenant de Dooku révèle ses véritables intentions et ordonne à Aayla de lui remettre le PIS : sa crédibilité auprès du Comte et sa mission en dépendent. Le Jedi refuse et un duel s’engage. Au milieu des assauts, Bly tente d’armer son blaster mais une violente poussée de Force le met au tapis. En lui projetant des pierres au visage, Vos prend le dessus sur son adversaire. Néanmoins, Aayla ne craint pas de mourir et refuse toujours de céder, démontrant même à son ancien Maître la noirceur qui l’habite et ce qu’il est devenu.
Troublé par ces affirmations, Quinlan ne voit pas Bly se relever et lui tirer dessus. Encore une fois, Aayla empêche les salves d’atteindre leur cible, permettant au Jedi Noir de s’enfuir…

Conclusion : Aayla et Bly parviennent à rapporter le PIS à la République. Quinlan s’enfuit et retourne auprès de Dooku bien qu’Aayla croit pouvoir le ramener vers la Lumière.