Palpatine se retrouva acculé suite à cette avalanche de défaites surtout causées par la vanité et le surplus de confiance des utilisateurs du coté obscur qui accumulèrent les débâcles face à la Nouvelle République et Luke Skywalker. Les hauts dirigeants républicains appuyèrent toujours plus sur le Talon d’Achille de l’adversaire en envoyant au cœur de Byss un commando dirigé par Wedge Antilles et Lando Calrissian visant à tester les défenses de la forteresse impériale. Palpatine fut mis au courant de cette opération et tenta le tout pour le tout en activant sa nouvelle superarme, le Canon Galactique. Il fit détruire la planète Da Soocha principalement habitée par le peuple Mon Calamari, ainsi que la station Nespis VIII où certains leaders républicains s’étaient donné rendez-vous pour orchestrer le coup de grâce impérial. Cet acte effroyable ne fut pas digéré par le reste des dirigeants de la Nouvelle République qui envoyèrent de nombreuses troupes en approche de Byss, mais durent de nouveau essuyer la colère de l’ennemi qui détruisit deux nouvelles planètes : Krinemonen et Hirsi, deux bastions abritant des chantiers navals républicains. Malgré une apparente domination, l’état de Palpatine était des plus critiques après que le traitre Carnor Jax sabota les dernières cuves de clonages en compagnie de certains scientifiques. Palpatine dut dès lors opérer dans l’urgence en tentant de se trouver un nouveau corps jeune et puissant, afin de pouvoir lutter contre des ennemis l’assaillant de toutes parts. Le choix se porta rapidement sur le jeune Anakin Solo, fils de Han et Leia qui possédait une sensibilité à la Force somme toute incroyable. Tandis que l’Eclipse II mit le cap sur la planète Onderon sur laquelle se trouvaient le couple Solo et leurs enfants, le commando de Wedge Antilles et Lando Calrissian infiltra le vaisseau et modifia sa course pour le programmer sur le Canon Galactique, afin de détruire les deux systèmes au même instant. Le résultat de l’opération fut finalement bien supérieur aux objectifs avec à la clé, la destruction de la planète Byss qui fut percutée de plein fouet par le Canon Galactique qui sombra en son cœur. La totalité des troupes impériales furent balayées en un instant, laissant place à un simple amas d’astéroïdes. Palpatine tenta alors le tout pour le tout en se rendant au chevet d’Anakin Solo, devant toutefois faire face à une dernière épreuve en livrant combat à de nombreux soldats. Il déchaina plusieurs éclairs de Force qui mirent en péril les rangs républicains et se hâta de préparer son esprit au transfert. Dans un ultime geste héroïque, l'ancien Jedi Empatojayos Brand s’interposa entre les deux êtres, et fit annuler l’opération.

Ce geste mit définitivement fin aux ambitions de l’Empereur qui ne compta désormais plus aucun clone. Son esprit et sa dernière enveloppe charnelle se volatilisèrent, mettant ainsi un point final à la vie de celui qui régna par deux fois sur la galaxie. La menace du Culte du Coté Obscur ne fut toutefois pas totalement éradiquée avec la survie de Xecr Nist, le dernier des survivants aux services de Palpatine. Il fut traqué sur Vjun par Luke Skywalker qui la captura au cœur du Château de Bast, et fut rejoint bien assez tôt par le chef scientifique de Palpatine qui révéla avoir été soudoyé par Carnor Jax qui était à l’époque l’apprenti de la mystérieuse Lumiya. Il confia également aux services républicains la trahison de Jax qui avait quelques temps auparavant, massacré l’ensemble de la Garde Royale pour assouvir son ambition et créer le fameux Empire Ecarlate qu’il dirigea plus tard en compagnie de Sarcev Quest, autre Jedi Noir autrefois membre du Corps Agricole Jedi. Face à cette cruelle désillusion, le reste des Seigneurs de Guerre et des Jedi Noirs connurent une nouvelle diaspora et retournèrent dans leurs quartiers respectifs, sans toutefois abandonner une once de terrain à la Nouvelle République, plus que jamais sur le qui-vive.