S’apercevant des difficultés qu’elle pouvait rencontrer au sein du Sénat malgré l’intervention du nouveau chancelier Palpatine, Padmé Amidala se rendit à l’évidence face à la corruption et l’influence de certains membres affiliés à la Fédération du Commerce. Elle retourna sur Naboo avec l’appui de l’Ordre Jedi représenté par Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi, bien décidée à libérer son peuple du joug des Neimoïdiens. Elle profita de ses liens avec un Gungan du nom de Jar Jar Binks pour demander grâce au peuple amphibien de leur prêter secours. Malgré une certaine réticence, le leader Gungan nommé Boss Nass finit par accepter la demande d’Amidala, et ainsi prêter ses forces au trône de Naboo.

La Bataille se déroula dans les plaines verdoyantes de Naboo, où droïdes et Gungans se livrèrent un âpre combat qui vit une nette domination des troupes de la Fédération du Commerce. Il fallut attendre un exploit solitaire du jeune Anakin Skywalker qui désactiva la totalité des droïdes engagés en faisant exploser le vaisseau de type Lucrehulk stationné en orbite. Suite à cette défaite, la Fédération du Commerce se retira de Naboo, sans pour autant abdiquer.