Pour que les bâtiments Jedi puissent arriver sans encombre à Troiken, il faut l’antidote au Nano-Virus. Qui-Gon et Obi-Wan s’infiltrent donc dans l’un des vaisseaux de Stark pour récupérer le fameux code. Il se trouve qu’à leur grande surprise, Stark lui-même les aide en tuant deux de ses lieutenants. Magnifique résultat de la télépathie de Maître Plo Koon permettant de persuader Stark que son plan était un échec. En échange de son aide, Plo Koon lui a promis une amnistie.
Enfin bref, les vaisseaux de la fédération remplis de Jedi émerge de l’hyperespace. Saesee Tiin mène un groupe de chasseurs contre les croiseurs du collectif. Ces derniers se retrouvent vite détruits suite à un sabotage de Tholme et Quinlan visant leurs boucliers.
Sur Troiken, Plo Koon fait Sceller les entrées des grottes et Ranulph Tarkin trouve la mort en libérant des insectes dévoreurs sur les troupes du collectif.

Conclusion : la bataille est remportée par la république. Les troupes au sol sont sauvées et le collectif de Stark est dissout. La guerre est terminée.