La Nouvelle République, menée par Airen Cracken, Jak Bremen et Bren Derlin, doit survivre à la terrible campagne d'un Empire Galactique réunifié et mené par le Grand Amiral Thrawn, qui menace sa stabilité en s'en prenant aux systèmes fragiles d'Ukio, Poderis, Obroa-Skai, Ord Padron, Bpfassh ou encore Abregado-rae. Même Sluis Van n'est plus à l'abri !

Les héros de la rébellion doivent ainsi s'unir de nouveau contre les redoutables forces impériales de Theol Drost, Freja Covell, Molo Himron, Rejlii Mithel, Cris Pieterson, Reynol Kosk, Colclazure, Kleyn Selid, Tschel ou encore Barse, soutenus par le Judicator.

C'est ainsi que l'on assiste au grand retour de Garm Bel Iblis sur New Cov, à la tête du Faucon Pelerin tiré de la légendaire Flotte Katana, retrouvée après un passage auprès de Hoffner à bord du Coral Vanda. A ses côtés, on retrouve Irenez et Sena Leikvold Midanyl avec le Harrier. En parallèle, les forces de la Nouvelle République, comprenant le Quenfis et le Larkhess, commandé par Afyon, se mettent également en mouvement, avec en leur sein Sarin Virgilio de Masterra, Kryll ou encore Machel Kendy.

Les contrebandiers de Karrde entrent en action au cours de ce conflit, et c'est ainsi que l'on découvre Shada D'ukal, Zakarisz Ghent, Aves, qui commandait l'Etherway à Bilbringi, Chin, Dankin, Lachton, Ellor ou encore Fynn Torve.

D'autre hors-la-loi se retrouvent également sur Trogan, au Tourbillon du Siffleur : Samuel Tomas Gillespee avec son Fierté de Kern, Par'tah, Mazzic, Billey, Lishma, Dravis, Clyngunn. Cette réunion les mène finalement sur Hijarna, malgré le retrait de certains indépendants tels que Brasck, où Niles Ferrier et son Defel font encore parler d'eux.

Après quelques péripéties sur Bimmisaari et à la Cité Nomade de Nkllon, Leia se retrouve sur à Rwookrrorro avec Ralrracheen, grand adepte de la Lame Ryyk, ainsi que Salporin, avant de finalement terminer sa quête à Nystao auprès des Noghri Mobvekhar, Cakhmaim, Khabarakh, Ovkhevam, Ekhrikhor, Ir'khaim, Vor'corkh. Ses actes meneront le guerrier Rukh à changer le cours de la guerre.

Pendant ce temps, Luke poursuit sa quête. Après un passage à Calius SAJ Leeloo, dirigée par le gouverneur Raccyx Staffa, aidé de Fingal, le Jedi se rend sur Myrkr où il découvre les surprenants Ysalamir. Il fait un bref détour par Hyllyard City avant de mettre le cap vers Jomark, pour y trouver le fameux Jedi Fou qui donne son nom à la série !

Tout s'achève au Mont Tantiss, où nos héros mettent un terme à la plus grande des menaces avec l'aide de l'espèce Myneyrsh.