Wolffe vint en aide aux forces de Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et Ahsoka Tano bloquées sur Felucia. Pendant que Plo Koon forçait le blocus séparatiste, Wolffe dirigeait la bataille spatiale en orbite.
Plus tard sur Coruscant, Wolffe était présent lorsque le général Grievous informa les Jedi qu’il avait capturé Eeth Koth. Le clone fut le premier à remarquer que le Jedi utilisait ses mains pour communiquer sa position de façon codée. Grâce à lui, Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywlaker et Adi Galia furent ainsi envoyés délivrer Koth lors de la Bataille de Saleucami.
Wolffe participa également à la mission de sauvetage de Mace Windu et Anakin Skywalker sur Vanqor puis il fit partie des renforts de la mission d’exfiltration de La Citadelle sur Lola Sayu. Il retourna ensuite sur Felucia pour participer à la prise d’un avant-poste séparatiste lors d’une triple attaque menée par Plo Koon, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker. La Padawan de ce dernier, Ahsoka Tano, fut cependant capturée par la Guilde de chasse de Garnac.
Plus tard, Wolffe reçut comme mission de la part de Yoda et de la sénatrice Padmé Amidala de venir en aide aux Aleena victimes de tremblements de terre. Il parla alors avec le roi Manchucho pour organiser la distribution d’aide sur la planète Aleen.
Au cours de la guerre, Wolffe se rendit à la conférence stratégique de la République. La réunion fut cependant interrompue lorsqu’un croiseur républicain rempli d’explosifs et se dirigeant vers la base spatiale de la République émergea de l’hyperespace. Heureusement, le vaisseau n’atteint pas sa cible et Wolffe fut sain et sauf !
En -21, Ahsoka Tano fut accusée d'avoir commandité l'attentat contre le Temple Jedi. Elle s'échappa dans les niveaux inférieurs de Coruscant. Wolffe et ses hommes assistèrent Anakin Skywalker et Plo Koon dans leurs recherches de la jeune padawan. Ahsoka avait été repérée dans le niveau 1312. Quand ils arrivèrent sur place, ils trouvèrent Ahsoka en compagnie d'Asajj Ventress, l'ancienne apprentie de Dooku, mais les deux fugitives parvinrent à s'enfuir. Un droïde les retrouva un peu plus tard, et Wolffe et ses hommes parvinrent à les encercler. Tano refusa de se rendre, et les clones subirent un sérieux revers. Ventress n'en tua cepandant aucun.
Ventress conduisit ensuite Ahsoka dans un entrepôt désaffecté du niveau 1315. La jeune padawan y fut attaquée par quelqu'un qu'elle prit pour Ventress. Leur combat attira l'attention de la police des niveux inférieurs, qui prévint les clones chargés de la traque. Wolffe y trouva en effet Ahsoka entourée de nano-droïdes. Il la paralysa et les Jedi la ramenèrent au Temple. Ahsoka, après avoir été expulsée de l'Ordre, fut finalement innocentée, mais refusa de réintégrer l'Ordre.
Trois ans plus tard, Hera Syndulla se rendit sur Seelos afin de demander l'aide de Rex, Wolffe et Gregor à la libération de Lothal. Les clones accpetèrent, et ils prirent donc part à la défense de l'avant-poste Rebelle de Lothal, lors de l'assaut Impérial mené par Arihnda Pryce. Les Impériaux furent vite mis en déroute et la gouverneur fut capturée, permettant aux Rebelles de s'infiltrer à l'intérieur de centre de commandes de Capital City. Wolffe resta cependant à l'avant-poste en compagnie notamment de Cikatro Vizago et de Mart Mattin, avec des instructions bien précises de la part d'Ezra.
Après avoir été brièvement attaqués par Rukh et sauvé par les loups, Mart, Cikatro et Wolffe prirent la direction d'un endroit particulier de l'hyperespace afin d'émettre à une fréquence bien précise. Ceci eut pour effet d'appeler les purrgils. Les créatures mirent alors en déroute la flotte Impériale, permettant la libération de Lothal.
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The Clone Wars