Cinq années ont passé depuis la mort de l’Empereur. La nouvelle République prospère lentement mais sûrement, et contrôle aujourd’hui la majorité des secteurs de la Galaxie. Pourtant, l’Empire est sur le point de lancer une grande offensive qui pourrait bien mettre à genoux le gouvernement en place, car cette fois, tous les Impériaux se sont rangés sous une seule bannière, celle du dernier Grand Amiral encore en vie ; le plus méconnu, mais aussi et surtout le plus dangereux de tous. Ignorant tout de la nouvelle guerre qui va éclater, Luke Skywalker se sent plus seul que jamais : il est le dernier des Jedi. C’est alors que retentit soudain une voix d’outre-tombe, autant pour lui redonner confiance que pour le mettre en garde : le Coté Obscur est aux aguets.

Sous la bannière du Grand Amiral Thrawn, les Impériaux se réunissent et s’apprêtent au combat. S’ils mettent la main sur la Flotte Katana, cette force composée de deux cent cuirassés perdus depuis des dizaines d’années, et qui semble réellement exister, la Nouvelle République est grandement menacée. Alors que les héros se préparent aux chocs à venir, Luke est appelé par un certain Joruus C'baoth, un Jedi de l’Ancienne République. Soucieux de faire renaître l’Ordre Jedi de ses cendres, il fonce tête baissée dans un piège tendu par son semblable, secrètement complice de Thrawn. Mara Jade, la femme qui a pourtant juré sa perte, refuse de le laisser entre les mains du dément et part le sauver, car lui seul pourra l’aider à son tour.

Le conflit qui oppose la Nouvelle République à l’Empire de Thrawn est sur le point d’atteindre son paroxysme. Grâce aux cuirassés de la Force Sombre et à leurs équipages de soldats clones, le Grand Amiral a désormais le pouvoir suffisant pour balayer l’Alliance, qui a bien l’intention de relever le défi. Alors que la flotte républicaine est sur le point de contre-attaquer, Luke, Yan, Leia, Lando, Mara et Karrde en mission secrète vers Wayland dans le but de détruire le complexe de clonage du défunt Empereur. Ce qu’ils ignorent, c’est que le Jedi fou Joruus C’baoth les y attend de pied ferme. S’ils refusent de se soumettre, il les tuera tous sans exception, et pourra ainsi régner sur la galaxie comme héritier de Palpatine.